約半数を占める新生児、乳児の複雑先天性心疾患の機能的修復手術に積極的に取り組んでいます。新生児に開心術を必要とする最も重症なものでも最近10年間による手術手技、術中術後の循環や呼吸の制御技術、人工心肺の技術の飛躍的な進歩により、成績は格段に向上しました。心室が2つあれば複雑先天性心疾患であってもいきなり根治手術を行うことで、1歳になる前のできるだけ早い時期に、普通の心臓と同様の血の流れに治してチアノーゼや心不全を除去するようにしています。肺血流の足りない疾患に対するブレロック手術や逆に肺血流の多すぎる疾患に対する肺動脈バンド術などの姑息手術（左右どちらかの胸を切開することが多い）は特殊な例を除いて施行しなくなり、傷も一箇所で済むようになりました。単心室およびその類縁疾患以外は2度3度の手術が必要ですが、それでも2歳までには根治手術を終えられるように治療計画を立てています。具体的には、大血管転位に対するジャテーネ手術、単心室に対するフォンタン手術（TCPC）や両方向性上大静脈肺動脈シャント手術（BCPS）、左心低形成症候群に対するノルウッド手術、大動脈弁輪狭小例に対する弁輪拡大術やホモグラフト（人の弁）移植術や自己肺動脈弁移植術（ロス手術）などに特に力を注いでいます。

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